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補助金・助成金

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2026.04.06

食品メーカー必見 国産原料の取扱量拡大を支援する補助金 「産地連携支援緊急対策事業」を解説

「国産の農産物を使って新商品を開発したい」「安心・安全な国産原料の取扱量を増やしたい」。今回ご紹介するのは、そんな食品メーカーの皆様に向けた農林水産省の補助金です。
消費者ニーズの高まりを受け、国産原材料を使いたいと考える企業が増える一方で、農家など産地の側では高齢化や人手不足により、急な増産に応えきれないといった課題を抱えています。そんな中、現在公募中なのが、令和7年度補正予算に基づく「産地連携支援緊急対策事業」です。この補助金は、食品製造事業者が産地とタッグを組み、お互いに助け合いながら国産原材料の取扱量を増やすための取り組みを、最大3億円という規模で国が支援してくれる制度です。 本記事では、どんな企業が対象になるのか、何に使えるのか、そして申請の必須条件となる「2つの計画」の意味から資金繰りの注意点まで、分かりやすく解説していきます。

出典:本事業の特設サイトに掲載されている案内チラシ

第1章:なぜ今、産地と連携なのか

国産原材料を求める食品企業は増えているものの、国内の産地は高齢化や担い手不足による生産力の低下といった課題を抱えており、企業の「もっと欲しい」という要望にすぐに応えられないのが現状です。そこで、企業が産地を直接支援し、一緒に国産原料を安定調達するための「Win-Winな関係(中長期的な取引関係)」を応援する制度として、本事業は行われています。
この補助事業が目指すのは、単発的な売り買いではありません。お互いの弱点を補い合い、共に成長するパートナーシップなのです。

1.1 産地(農家)のメリット

  • 「作れない」を解決:食品メーカーから収穫機などの機械を貸してもらったり、農作業の手伝いに来てもらったりすることで、人手不足や高齢化、多額の設備投資リスクといった悩みを解決し、無理なく生産を拡大できます。
  • 「売れない・安すぎる」不安を解消:食品メーカーとの間で契約栽培や全量買い取り、さらには規格外商品の購入といった約束を交わすことで 、市場価格の変動や規格落ちによる廃棄ロスに左右されず、安心して計画的に農業(経営)を続けられます。

1.2 メーカー(食品企業)のメリット

  • 「買えない」を解決:産地の生産体制を直接サポートすることで、自社が求める特定の品種や、必要な品質・量の国産原料を、確実かつ長期安定的に調達するルートを確保できます。輸入相場や国際情勢の変動リスクにも振り回されません。
  • 「売れる」商品で成長:補助金を使って自社工場に最新の製造ラインを整えたり、新商品を開発したりすることで、消費者が求める安心の国産商品を効率よく市場に届け、企業の収益力・ブランド力を強化できます。

第2章:スケジュールを確認

この補助事業のスケジュールなどを確認しましょう。

2.1 公募期間

  • 第1次公募:令和8年3月26日(木)~ 4月28日(火)17:00厳守
  • 第2次公募:令和8年6月1日(月)~ 6月30日(火)17:00厳守
    ※第2次公募以降は、予算状況によって開催されない可能性もあるため、第1次での申請がおすすめです。

2.2 補助金は後払い(精算払い)

本事業は事前の前払い(概算払い)はできず、事業がすべて完了し、実績報告と事務局の検査が終わってから振り込まれる「精算払い(後払い)」です。一時的に全額を自社で立て替える必要があるため、事前の資金計画が重要になります。

2.3 申請フローと、採択から補助金入金までのスケジュール目安

事業の申請は、特設の公募サイトからのオンライン申請のみとなります。郵送等では受け付けていないため注意が必要です。

第1次公募(4月28日締切)に申し込んだ場合の、大まかなフローとスケジュール感は以下の通りです。

STEP 1オンライン応募申請(締切:令和8年4月28日 17:00厳守)

応募事業者登録を行い、事業計画書や決算書、見積書などの必要書類を申請フォームからアップロードして提出します。

STEP 2:審査結果(採択)の通知

公募終了後、約1ヶ月後を目安に審査結果(採択の内示)が通知されます。

STEP 3:交付申請と「交付決定」

採択通知はあくまで「候補者になった」というお知らせです。その後、正式な金額等を申請する「交付申請書」を速やかに提出し、内容に問題がなければ提出から2〜3週間後を目安に正式な「交付決定」が下ります。

STEP 4:事業着手(発注・契約)

原則として、発注・契約ができるのは交付決定を受けた日以降です。これより前に発注した経費は補助対象外となります。
※ただし、どうしてもスケジュールが厳しく前倒しで発注したい場合は、事前に「交付決定前着手届出」を事務局に提出して承認を受けることで、例外的に採択通知の受領日以降から発注できるようになる特例制度もあります。

STEP 5:事業完了の期限あり(令和9年2月16日厳守)…令和9年2月16日

令和9年2月16日までに、発注・納品だけでなく自社からの支払い、実績報告書の提出まで完了させる必要があります。

STEP 6:実績報告と補助金の入金(精算払い)

事業完了後、1ヶ月以内(または2月16日のいずれか早い日)に実績報告書を提出します。事務局による検査を経て補助金額が確定し、指定口座に補助金が振り込まれます。

第3章:どんな会社が申し込める?

3.1 申請対象者の条件

食品の加工・製造を行っている事業者等が対象です。経営体としての名目上の業種区分に関わらず、実態として食品製造を行っているかが重視されます。ただし、直近3事業年度で3年続けて経常赤字だったり、直近の決算で債務超過になったりしている事業者は応募できません。

3.2「誰と組むか」の注意点

本事業は、持続可能な原材料調達に向けて、食品製造事業者が自社以外の農家や農業法人などと新たな協力関係を築くための補助金です。つまり、自社が直接運営する農場や子会社、100%同一資本のグループ企業、代表者が同じ農業法人との連携はできません。さらに、将来的に自社で買収や合併を予定している農家(事業承継予定の相手)も、やがて自社のコントロール下に入るため原則として対象外となります。実質的な身内ではなく、独立した外部の産地(具体的な生産者名や地域の組合等)と組むことがポイントとなります。

第4章:自社の課題に合わせて選べる申請パターンと補助金額

本事業には、自社の課題や産地の状況に応じて選択できる3つの申請パターンがあります。具体的には、①自社の設備投資等を行う「取組Bのみ」、②産地支援を行う「取組Aのみ」、③「取組Aと取組Bを組み合わせる」パターンです。

それぞれ補助上限額や注意点が異なるため、以下で順に解説します。

4.1 取組B:国産原材料の取扱量増加に伴う取組(自社の設備投資等)

自社工場での新商品開発、製造ラインの増設、パッケージの変更などの取り組みです。

【主な補助対象経費の例】

  • 機械装置・
    システム構築費

製造ラインの増設や変更、新商品製造のための機器導入、機能向上のための機械改造、システムの構築費など。

  • 原材料費

新商品を開発するラボや工場で試作品を作るための原材料費。

  • 調査費・外注費

新商品開発のためのマーケット調査費や、新商品の設計・検査、試作品の加工などの外部委託費。ただし、販売するための量産品の加工外注費は対象外です。

  • 包装資材費

食品表示の変更に必要なパッケージデザイン作成費、印刷機切替費用、新しい包装資材の費用など。
※新デザインのための包装資材費用については、廃棄された旧包装資材に相当する分又は新デザイン包装資材2ヶ月分のいずれか低い方が上限となります。

4.2 取組A:産地を支援する取組

農家に種や苗を提供したり、収穫機や選別機を貸与したり、社員を派遣して農作業を手伝ったりする取り組みです。これを計画に組み込むと審査で加点され、補助上限額も引き上げられます。

【主な補助対象経費の例】

  • 種苗等の資材費
    (申請時の経費区分は
    「消耗品費」)

自社が求める品種を産地に生産してもらうために、農家に提供する種や苗の購入費用など。

  • 機械・設備費

産地の収穫量拡大や加工ニーズに合わせた出荷のために産地へ貸与する収穫機や選別機、または産地側の建屋内に設置する保管設備(建屋と一体でないもの)などの導入費用。

  • 謝金・旅費

農作業を手伝うために自社の社員を産地へ派遣する際の旅費や、栽培技術の指導をしてもらうために専門家・篤農家を産地へ派遣する際の謝金・旅費など。

4.3 申請パターン別の補助金額まとめ

申請する取組の組み合わせによって、事業全体の補助上限額が異なります。いずれのパターンも、補助率は「1/2以内」、下限額は「100万円」です。

申請する取組の
組み合わせ
補助上限額備考・注意点
取組Bのみ申請
(自社の設備投資・
開発等)
2億円基本となる申請パターンです。
取組Aのみ申請
(産地支援のみ)
3億円自社の設備投資が不要で、農家への支援のみを行う場合のパターンです。
取組A+取組Bを
両方申請
3億円計画全体の上限は3億円にアップしますが、取組B(自社の設備投資等)に使える経費の上限は2億円までとなります。
出典:本事業の特設サイトに掲載されている案内チラシ

第5章:申請の必須条件「2つの計画」と「フォーラム参画」

申請にあたっては、いくつかのハードルをクリアする必要があります。特に重要なのが2つの計画(産地連携計画と安定取引関係確立事業活動計画)の作成と、「産地連携フォーラム」への参画です。

5.1 産地連携計画とは?

【目的】
この補助金をもらうために、「自社が産地とどのように協力し、お互いにWin-Winな関係を築いて国産原料の取扱量を増やしていくか」を国にアピールするため、事業計画書の中で具体的に記載するものです。

【「連携」とは具体的に何をするのか?】
単なるその場限りの売り買い(単発的な調達購買活動)ではなく、メーカーと産地がお互いに関与し合い、継続的に利益を生む取り組みを指します。

  • 具体例

特定の産地(複数の産地を含む)と、契約栽培に向けた協議を行うことなども「連携」の対象となります。

  • 注意点①

現時点で産地と正式な契約を結んでいなくても問題ありません。ただし、議事録や覚書など、連携して協議を進めている証拠(証跡)を提出する必要があります。

  • 注意点②

最大3億円の補助枠(取組A)を申請する場合は、協議だけでなく、産地へ実際に機械を貸し出したり、種や苗を提供したり、技術指導を行ったりする直接的な支援が必須となります。

【産地連携計画で定める5つの内容】
申請書の「産地連携計画」の記入欄には、以下の5つを定めます。

  1. どこの産地(農家)と組むのか
  2. 産地に対してどんな支援をするのか
  3. どんな条件で取引するのか
  4. 原料が増えた分、自社工場での製造や販売体制をどう整えるのか
  5. 現在の国産原料の取扱状況

【最重要ルール】「10%以上増やす目標」の設定が必須
上記の連携計画とは別に、申請の絶対条件として「事業実施年度から3年後の年度に、対象の国産原料の取扱量を10%以上増やす」という成果目標を立て、計画書に記載する必要があります。これは、第4章でご紹介した3つの申請パターン共通の要件です。

【メリット】
この計画の中で「農家にとってもメリットが大きい」「新しい商品の市場ニーズがある」といった内容をしっかりアピールできれば、審査で評価されやすくなります。

5.2 安定取引関係確立事業活動計画とは?

【目的】

食料システム法という法律に基づき、「私たちの会社は、農家と安定した取引関係を築き、日本の持続可能な食料供給に貢献します」という姿勢を国に公式に認定してもらうための計画です。

【内容】

新たな産地と原材料調達の契約を結ぶなど、農業者と安定的な取引関係を確立するための具体的な取り組みを定めます。

出典:本事業の特設サイトに掲載されている資料「産地連携支援緊急対策事業に係る食料システム法計画認定申請フロー・申請窓口一覧」
 

3つの計画・書類の関係性

役所の難しい書類をいくつも作らなければならないのか…と驚かれたかもしれませんが、これらの書類の関係はとてもシンプルです。
まず、補助金申請のために事務局へ提出するメインの応募書類一式が「事業実施計画書」です。その書類の中に設けられた「どこの産地と、どのように協力するか」等を書き込む記入欄(セクション)の名称が「産地連携計画」です。つまり、異なる計画書があるわけではなく、「産地連携計画は応募書類の一部」ということになります。

一方、もう一つの「安定取引関係確立事業活動計画」は、食料システム法という法律に基づく認定を受けるために地方農政局等へ提出する全く別の書類(※本補助事業申請のために提出する書類ではない)です。しかし、活動計画に書くべき内容は、補助金の「産地連携計画」と共通しています。そのため、メインの応募書類(事業実施計画書)の該当欄をしっかり作り込めば、その内容を活動計画に反映させればよく、ゼロから考えることなくスムーズに書類作成を進めることができます。
なお、補助金の応募締め切りまでに食料システム法に基づく認定が済んでいなくても諦める必要はありません。補助金の公募期間内に、地方農政局等へ認定申請書(案)を提出(仮申請)すれば、認定を受ける見込みがあるとみなされて応募が可能になります 。 ただし、補助金に採択された後は、交付決定後速やかに正式な申請を行って確実に認定を受ける必要があります。

5.3 産地連携フォーラムでの会員登録が必須

【フォーラムとは?】
農林水産省が運営する、生産者と食品事業者を直接結びつけ、お互いの理解を深めながら中長期的な連携を生み出すことを目的としたプラットフォームです。

【どんなメリットがある?】
ウェブサイトを通じて、実際に産地連携を成功させている先進的なモデル事例を知ることができたり、農業や食品分野の最新動向を学べるオンラインセミナー(勉強会)に参加できたりと、連携のヒントとなる貴重な情報を得ることができます。

【必須条件】
補助金申請にあたっては、産地連携フォーラムに会員登録(参画)することが必須条件となっています。忘れずに登録を済ませておきましょう。

第6章:審査と加点のポイント

提出した計画は、外部の有識者等による委員会で審査され、総合的な点数が高い順に採択されます。基本の審査(ベースの採点)では、「事業の目的や市場ニーズに合っているか」「事業をやり切る組織体制や資金力があるか」といった実現性が厳しく問われます。
しかし、ライバルに差をつける鍵は加点項目を満たすことです。
以下は、公募要領に記載されている加点項目の例です。これらを取り入れることで、審査で有利になります。

  • 産地への直接支援(取組A)を行っているか
    自社の設備投資(取組B)だけでなく、農家へ機械を貸し出したり手伝いに行ったりする「取組A」もあわせて行う計画は、産地への貢献度が高いとみなされ、審査で加点されます。補助上限額が3億円にアップするのもこのためです。なお、取り組みの数ではなく、「どれだけ産地にメリットや貢献をもたらすか」が重視されます。
  • 安定的な契約の仕組みと、販路確保の根拠があるか
    契約栽培や全量買い取り、規格外商品の購入契約など、生産者にとって安心で安定的な契約の仕組みがあるか。また、新商品が本当に売れるのか、市場ニーズや商談状況などの事実に基づいた具体的な根拠があるかどうかが評価されます。
  • 品質の維持・向上に関する改善が含まれているか
    原材料の品質の維持や向上に関する改善の取り組みが含まれているかが評価されます。
  • 一次加工業者による取り組みであるか
    小麦製粉やカット野菜の製造など、原料に対する最初の加工(一次加工)を行う業者の取り組みであるかが確認されます。
  • 新商品に、これまでにない新規性があるか
    既存商品に比べて明確に新しい特徴や価値があるなど、これまでにない新しい市場カテゴリーを作るような新規性があるかどうかが評価されます。
  • スマート農業技術の計画認定を受けているか
    「生産方式革新実施計画」を申請し、農林水産大臣から認定を受けているか(または認定を受けることが確実であるか)が確認されます。
  • 「パートナーシップ構築宣言」を公表しているか
    専用のポータルサイトにおいて宣言を公表しているかが確認されます。

第7章:よくある質問

現在、原料は商社を通して仕入れています。農家と直接契約していなくても産地連携の対象になりますか?

対象になり得ます。ただし、どこの誰が作ったかの特定と、産地へのメリットの説明が必須です。単に〇〇県産という大まかな指定では認められず、具体的な生産者名や組合等を特定し、その産地の原料を確実に使用したことが証明できる書類(3社間契約など)の提出が求められます。
さらに重要なのは、商社を挟んでいたとしても、自社の取り組みが産地側にどのようなメリットをもたらすのかを事業計画の中で具体的に説明する必要があるという点です。単に単発的な調達・購買活動ではなく、継続的な関係構築のプランが必要になります。

工場の古い製造機械が寿命を迎えています。これを新しいものに買い替える(更新する)費用も補助対象になりますか?

単なる老朽化による買い替えは対象外です。本補助金は設備の維持管理が目的ではなく、国産原材料の取扱量を増やすことが最大の目的だからです。「新しい機械を導入することで、小分けパック等の新しい規格に対応できるようになる」「処理スピードが劇的に上がり、国産原料の受け入れ量を拡大できる」など、その設備投資が国産原料の増産にどう役立つのかをしっかり説明できる必要があります。

新商品の開発ではなく、すでに販売している既存商品をもっと売るための増産計画でも対象になりますか?

既存商品の増産(拡売)でも対象になり得ます。ただし、この補助金をもらうための絶対ルールとして、「対象となる国産原材料の取扱量を、3年後の年度までに10%以上増加させる」という定量的な目標を立てる必要があります。明確に取扱量が増える計画を立案してください。

第8章:産地とメーカー、ともに成長

「国産原材料を使いたいけれど、調達が不安定で踏み切れない…」という悩みは、多くの食品メーカーが直面する壁でしょう。しかし、視点を変えれば、産地と一緒に成長できるチャンスでもあります。
この「産地連携支援緊急対策事業」は、単なる自社の設備投資や新商品開発のための資金援助ではありません。農家が抱える「作りたいのに労働力や機械が足りなくて作れない」という切実な課題に対し、食品メーカーが直接手を差し伸べることで、市場価格の変動に左右されない確固たる信頼関係を築くための未来への投資です。補助金額は最大3億円という大きなプロジェクトになるため、周到な準備が欠かせません。
例えば、50万円(税抜)以上の契約には原則、同一条件での相見積もりが必須となるため、早急にメーカーへ相談して見積書を準備する必要があります。また、発注(契約)は原則として事務局からの交付決定を受けた後に行う必要があります(※事前の届出と承認があれば採択通知以降への前倒しも可能)。ただし、特例を使ったとしても採択通知より前に発注してしまうと、いかなる理由があっても補助対象外(全額自己負担)になってしまいます。
申請を検討される方は、まずは連携できそうな産地との対話を始め、産地と共に目標を形にする第一歩を踏み出してみてはいかがでしょうか。

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